cellxgene-census
Query the CZ CELLxGENE Census programmatically for versioned public single-cell and spatial transcriptomics data. Use when you need population-scale cell metadata, gene expression slices, Census summary counts, source H5AD URIs/downloads, embeddings, spatial Census data, or reference atlas comparisons across organisms, tissues, diseases, assays, and cell types. For analyzing your own local single-cell data use scanpy, anndata, or scvi-tools.
适合你，如果需要编程查询大规模单细胞和空间转录组学数据。
/ 通过 npx 安装 校验哈希
npx oh-my-skill add k-dense-ai/scientific-agent-skills/cellxgene-census/ 通过 bash 安装
curl -fsSL https://oh-my-skill.com/install.sh | bash -s -- k-dense-ai/scientific-agent-skills/cellxgene-census/ 已经装过?验证本机副本,不用重装
npx oh-my-skill verify k-dense-ai/scientific-agent-skills/cellxgene-census安装目标可用 --agent / --scope 或 --to 明确指定;省略时只会在唯一已存在的 agent 目录上自动选择,零命中或多命中会停止并提示。content_hash 缺失或不一致均拒装。
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怎么用
商店整理自技能原文 · 版本 3f825ca · 表述以原文为准它做什么
安装后，Claude 可以查询 CZ CELLxGENE Census 中的公开单细胞和空间转录组数据，包括细胞元数据、基因表达、数据集摘要、H5AD 文件链接、嵌入和空间数据。
什么时候触发
当用户需要按物种、组织、疾病、细胞类型等条件查询单细胞数据，或进行跨数据集分析时触发。
装好后可以这样说
返回匹配的 AnnData 对象。
返回按细胞类型分组的计数。
返回过滤后的表达矩阵。
评论
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